Institut Kengashi oliy kollegial organ bo`lib, barcha yo‘nalishdagi faoliyatini muvofiqlashtirib boradi. Dolzarb vazifalarni tezkor va sifatli hal qilish bo`yicha qarorlar qabul qiladi. Institut rektori Kengash raisi sanaladi. Kengash tarkibida prorektorlar, dekanlar, institutning yetuk professor-o‘qituvchilari, jamoat tashklotlari yetakchilari faoliyat ko‘rsatadi. Qo‘qon davlat pedagogika instituti kengash rejasi Qo‘qon davlat pedagogika instituti kengash nizom.